Oppdragsarbeid i Elbing (1642-1648)
Reisa til Sverige leiar han først til Holland. Her blir det eit møte med René Descartes. Descartes hadde lest skriftene til Comenius nøye. Begge vitskapsmenn utvekslar tankar om vesenet til den menneskelege erkjenning. Sjølv om oppfattingane deira er grunnleggjande forskjellig, så møter dei kvarandre med stor respekt. Ved slutten av livet sitt mange år seinare tar Comenius eit kritisk oppgjør med Descartes:
”Denne meinte nok å har funnet ein behageleg veg ut dei evige feiltakingar. Han tilrår at man legg alle fordommar om den sanninga som ein alt har til side, at man undersøkjar alt på nytt og ikkje tar imot anna enn det som er så openbart sant at ein ikkje kan røre ved det. I dette fant han mange som støttar han. Berre det er farleg å trekke alle guddommelege og menneskelege ting i tvil. Og det er umogleg å bære arbeidet med å undersøkje alt på nytt. Det er difor dei fleste beklagar at ikkje gjorde noko anna enn å opprette eit labyrint. Og det er eit slikt labyrint at sjølv Dædalus ikkje hadde klart å kome seg ut og han hadde heller ikkje kunne vise til ein raus tråd ut.”[22]
Etter framkomsten i Sverige får Comenius ei konkretisering av oppgåva frå den svenske kanslaren Axel Oxenstierna. Om Comenius håpa i det stille på at det svenske kongehuset ville støtte arbeidet hans med å utarbeide Pansofien, så blir han skuffa av den svenske kanslaren. Målet for Sverige er at mannen frå Böhmen skriver lærebøker for det svenske skulesystemet. Sjølv om Comenius har lite lyst til å returnere til ”støvet i skula” takkar han ja , sølv om det meinar at han på nytt må avbryte planen om å jobbe med Pansofien sin. Grunnen til det er vel at Oxenstierna lover å parti for dei tsjekkiske flyktningane i framtidige fredsforhandlingar. Han vil møte keisaren med kravet om at dei tsjekkiske brørne får returnere i heimlandet sitt. Comenius får ein god lønn og kan busetje seg i Elbing for å utføre det svenske oppdraget.
Sjølv om Comenius ikkje lider av materiell naud, så er arbeidet ikkje noko stor glede for han. I tillegg kjem det krangel med de Geer som opptrer nesten som verja hans og som nektar å betale den lønninga som dei vart einige om. Dei bebreider Comenius for at han engasjerer seg i dei kyrkjelege foreiningsforhandlingane i Thorn i Polen. Forhandlingane står under vernet av den polske kongen. Målet med dei er å formidle mellom dei lutherske, dei kalvinistiske og dei katolske for å få slutt på krigen som for lege sidan slutta å være ein religionskrig. Men det blir ikkje noko utlikning av interessene med dei to protestantske gruppene og katolikkane. Måle om å gjenforeine kyrkjene blir unåeleg fjern. Opprørt og irritert forlatar Comenius Thorn. Det gjer kanskje ikkje minst fordi han som formidlar til trekker sinne frå alle parter på seg.
Til tross for all krangel med de Geer klarer Comenius å levere oppdraget etter avtalen: ”methodus linguarum novissima” (Nyaste språkmetode). Med dette presenterer han ei språkdidaktikk som er mykje meir omfattande om grundig enn hans ” Ianua linguarum reserata”.
Sjølv om endeleg kjem fred i sikte etter tre tiår med krig, blir det ei ulykkeleg tid for Comenius og Brøruniteten. Det blir nok fredsforhandlingar, som gjer slutt på skrekken til krigen. Men sidan Sverige mista politisk tyngde, klarar dei ikkje å forhandle frem eit betre skjebne for dei tsjekkiske flyktingane.