Returen til Lissa (1648-1650)
Ved sidan av dei politiske problema møter Comenius også ei rekke med personlege skjebneslag. Kona hans blir alvorleg sjuk. Det er difor han bestemmer seg for å returnere til Lissa. Han avbryt oppgåva som han hadde byrja på i Sverige. Kort tid etter døyr hans andre kone og han er åleine med to barn. Han gifter seg for tredje gong. Ektefellen hans er nå Johanna Gajus frå Thorn. Også døden til eit anna menneske legg skygger på livet hans. Justinus, den første av biskopane i Brøruniteten, døyr. Comenius blir valt til etterfølgjaren hans. Som ansvarleg overhovudet for Brøruniteten prøver han å forbetre skjebnen deira. Han skriver fortvila brev til Oxenstierna, der han ber han om å ta seg av den tsjekkiske Brøruniteten slik at den kan overleve. Men alt det biskop Comenius prøver er forgjeves. Den Westfalske fred er underteikna. Der er det ingen klausul om vern av konfesjonelle minoritetar. Dei bøhmiske brørne blir unemnt i det Westfalske fredsdokumentet. Mens keisar Ferdinand III. Lover protestantane i Sleska toleranse, sikkarar han seg retten til å råda i dei bøhmiske land slik som han finner det for godt og at han ”held fast på forbodet mot den evangeliske vedkjenning”[23] der. Comenius er realist nok til å skjønne at dette ikkje berre er slutten for den tsjekkiske delen av Brøruniteten, men for Brøruniteten som heilskap. Gjennom den Westfalske fred er den blitt heimlaus. R. Riemeck skriv om dette:
”Sidan dei ikkje blei godkjent som konfesjon kunne kvar landsfyrste vise dei bort frå landet etter behag. Fordi det var berre Lutheranarane, Kalvinistane og Katolikkar som hadde fått tilsagt eksistensgrunnlaget som ”kyrkje”. Brørne hadde ingen plass lengre der eit hadde ein rett på kyrkjeleg eksistens, dei var utlevert til nåden av framande herrar og returen til dei bøhmiske landa blir nekta dei for alltid.”[24]
I møte med denne erkjenninga skriver Comenius det kjente ”Testamentet av den døyande mor Brørunitet”. I dette testamentet takker ”mora”:
”først sin dotter, den polske uniteten. Den vender seg til sine kristne søsterkyrkjer, den ”romerske unitet”, den tyske og den helvetiske (sveitsiske) unitet for så å tale til den økumeniske heilskapen av alle kristne med ropet om einskap og fred”[25]
Etter det snur ah seg mot sitt kjære folk, tsjekkarane. Dei sender han si spesiell velsigningshelsing, som har sit høgdepunkt i ynsket om at dei må ta vare på kjærleiken til guds sanning og den tsjekkiske kulturen. Her knyter han utan tvil band til Jan Hus som rett før døden sin oppfordra til kjærleiken til sanninga. Endeleg så ynskjer han ungdommen ei betre oppdraging, enn den det eingong var.